Преподобный Герман происходил из богатого купеческого рода Черниговской губернии и в миру назывался Григорием Ивановичем Клицею.

24 июля 1840 года Григорий с отеческой любовью был принят в Глинскую пустынь игуменом Филаретом, который, прозорливо посмотрев ему в глаза, уже тогда провидел в нем будущего подвижника. В 1844 году инок Григорий простился с Глинской пустынью и вместе с казначеем отцом Арсением перешел в Святые Горы- возобновлять древнюю запустевшую обитель. "Сосредоточенный в себе и молчаливый, - писал о нем его духовный друг А.Ф. Ковалевский, - не чужд был он тогда особенных дарований духовных, в нем даже проявлялась под час прозорливость, которая его самого удивляла". Неутомимый труженик своей обители, отец Герман не был лишен и особенных знаков благоволения к нему Царицы Небесной, видеть которую сподобился он дважды в своей жизни. Первое явление ему Божией Матери было во время соборного акафиста Пресвятой Богородице, который совершал игумен Арсений в Покровской церкви.

В 1859 году скончался архимандрит Арсений, и на его место, по единогласному желанию всей святогорской братии, был избран иеромонах Герман. По принятии своих настоятельских обязанностей отец Герман много думал и унывал, что не в состоянии он будет понести возложенное на него бремя. Однажды, размышляя об этом, он задремал и в сонном видении узрел перед собою Царицу Небесную, а по сторонам Ее - святителя Николая Чудотворца и святителя Германа Патриарха - своего покровителя. Богоматерь, показывая отцу Герману небольшую трость, которая была у нее в руках, сказала: "Почто унываешь? Не ты будешь управлять обителью, а Я: ты в руках Моих будешь как эта трость!"

Много трудов и забот за время своего настоятельства положил отец Герман на дальнейшее развитие и процветание Святогорской обители, которая преимущественно ему обязана своим благоустройством. Будучи сам учеником старца-игумена Филарета, отец Герман старался поддерживать и укреплять в своей обители традиции старчества, введенные в Святогорье еще архимандритом Арсением. За советом и поддержкой он неоднократно обращался к оптинскому старцу архимандриту Исаакию (Антимонову); одно его письмо сохранилось до наших дней. Сотаинник отца Германа, известный литератор А.Ф. Ковалевский замечательно описал его жизнь и обычаи: "Редкий подвижник был он в келейной своей жизни, которою невольно проводил он меня в удивление. Не говоря о том, что в кельях своих не терпел он ничего лишнего, и имели они у него вид самый убогий, лишены были всяких украшений мирских…

Полный бессребренник в келейной своей жизни, отец Герман никогда не имел в кельи своей денег, даже почтовых марок избегал иметь в запасе для писем, и когда они ему были нужны, посылал за ними к казначею… То же крайнее нестяжание хранил он в отношении одежды: рясы и подрясники носил до полнаго их обветшания… Кожаный пояс носил он один чуть ли не со дня своего пострижения и до смерти, все починяли его, из широкого стал он совсем узким, а старец все продолжал его носить… Пищу вкушал он тоже всегда братскую, не имел особенного повара и стола, а приносили ему ее с братской трапезы, если не бывал он на ней сам... Вообще у него был обычай, пред служением трапезы не вкушать, и, если случалось ему два, три и более дней сряду служить, то вся его пища тогда состояла в том, что после Литургии, с сослужащими ему иеромонахами, закусить чего холодного, а потом выпьет чаю, да опять его напьется пред вечернею. Всю первую седмицу святой четыредесятницы, а также и страстную седмицу, вареной, теплой пищи он не вкушал, не пил и чаю, довольствовался хлебом, квасом и соком капусты, и то в очень умеренном количестве, чтобы только не ослабеть...

Совершая Божественную Литургию, он нередко плакал пред святым Престолом, и в это время лицо его принимало какой-то особый просвещенный, серьезный и богомысленный вид… В это время дух его, видимо, пересиливал немощь плоти, а она у него была велико-болезненна и очень немощна... Именно благодать Божия поддерживала его в этих молитвенных его подвигах и трудах, которыми добрый пример представлял он для своей братии. Если не служил, то все-таки обязательно ежедневно бывал на всех богослужениях церковных в своей обители, и так делал изо дня в день, всю свою жизнь. Бывало, приедет поздно вечером домой, а в 12 часов ночи уже первый является в храм Божий на утреню и бодро стоит ее до конца… Молитвенныя книги всегда возил он с собою, и, сидя в экипаже, любил читать Псалтырь, что делал даже в вагоне железной дороги… и мало обращал внимания на окружавшую его железнодорожную суету…"

Отец Герман поистине принадлежал к числу благодатных и богоугодных священнослужителей, искренних патриотов своего Отечества, подтверждением чего является чудесный случай, происшедший с ним в день убийства Императора Александра II 1 марта 1881 года. В этот день отец Герман служил в Покровском храме, где имел особое чудесное видение: частица, вынутая из просфоры за Государя, была видна окровавленной. Это очень испугало и смутило настоятеля, который понял, что это предвещает что-то недоброе. И действительно - вскоре по телеграфу пришло известие об убийстве Императора социалистами.

Преставился отец Герман, приобщившись Святых Христовых Таин, 13 апреля 1890 года на 75-м году жизни, из которой 50 лет провел в монастыре и 30 лет в настоятельстве. Похоронен в склепе под притвором скитского храма Ахтырской иконы Божией Матери. В 1920-30-е годы храм переоборудовали под столовую санатория "Степной", который разместился в корпусах бывшего Ахтырского скита, а в притворе устроили кочегарку. Из любопытства кочегарами был вскрыт склеп настоятеля, мощи которого они нашли нетленными. Прибывшие сотрудники НКВД полностью разобрали гробницу, изъяли из нее мощи отца Германа и закопали их, по словам старожилов, где-то под оградой скита. Несмотря на полное уничтожение Ахтырского скита, память о могиле архимандрита Германа, а также о находящихся рядом могилах преподобного Иоанна Затворника, настоятеля архимандрита Вассиана благоговейно сохранялась в народе, который всегда с молитвой посещал это место. После открытия в 1992 году Святогорской обители братией монастыря через несколько лет был восстановлен склеп настоятеля. При раскопках могилы были найдены остатки гроба, облачения, украшения митры и наперсного креста, а также несколько косточек.

8 мая 2008 года Священный Синод Украинской Православной Церкви, рассмотрев житие, труды, подвиги, чудеса и народное чествование подвижников благочестия, которые «иже во святых горах на Донце» подвизалися, принял историческое решение (Журнал № 38): «Благословить для местного прославления и чествования с числе прочих в лике преподобных архимандрита Германа (Клицу)». Память Собора Святогорских святых принято отмечать ежегодно 11 (ст.ст.)/24 сентября (н.ст.).