Преподобный Иоанникий (в миру Трофим Никитович Аверкиев) родился в 1823 году в семье государственных крестьян Ливенского уезда Орловской губернии. Мальчик отличался особенной понятливостью и благочестием, любил бывать в церкви, а на 16-м году жизни начал просить родителей благословить его в монастырь. Его желание монашества особенно усилилось после одного знаменательного сна.
Виделась Трофиму церковь и собор монахов в мантиях и клобуках, чинно шедших на сходку посреди церкви и певших божественную песнь, - они взяли его за руки и повели с собой, говоря: "Иди с нами, не бойся родителей огорчить, воля Божия быть тебе с нами".
Не получивши разрешения от матери и отца, он тайно покинул родительский дом; с одним лишь куском хлеба в сумке, босой пришел в Толшевский Спасо-Преображенский монастырь Воронежской губернии. Здесь был принят настоятелем и начал проходить иноческое житие. Но не суждено было Богом подвизаться Трофиму в этой обители, где провел он всего три месяца. Его отец, связав ему ноги веревкой, чтобы не ушел, привез сына домой. Бедный юноша принужден был покориться воле родительской и снова жить в родном доме. После смерти отца мать не стала удерживать его и благословила на поступление в монашество.
10 октября 1845 года прибыл он в Святогорскую пустынь и был принят архимандритом Арсением. Братский духовник иеромонах Феодосий взял Трофима себе в келейники и поместил его в своей тесной передней. Отец Феодосий много обучал его деланию молитвы Иисусовой и основам монашеского жития. Так, под руководством опытного старца, не утаивая пред ним погрешностей, восходил юноша к совершенству.
24 марта 1850 года Трофим был пострижен настоятелем отцом Арсением в рясофор с наименованием Тимона и назначен на послушание пещерника. Обязанностью его было прислуживать преподобному Иоанну Затворнику в его пещерном затворе.
2 апреля 1854 года Тимон был пострижен в мантию и наречен Иоанникием. 16 августа 1857 года монах Иоанникий был рукоположен во иеродиакона и стал особенно прилежать службе церковной, продолжая, по-прежнему, и келейно подвизаться в посте и молитве, чтении книг духовных. В свободное время уходил он в лес, там уединялся и беседовал с Богом сосредоточенною молитвою Иисусовою.
Вскоре отец Иоанникий был назначен в скит преподобного Арсения Великого на Святом месте, где продолжил свое диаконское служение. Здесь он так изнурял себя подвигами поста и молитвы, что начал ослабевать в здоровье: у него открылось кровотечение гортанью, он похудел и, наконец, окончательно слег. Едва живой, отец Иоанникий был привезен в больницу монастырскую, где на одре пролежал около полугода. Однажды, когда ему было очень плохо и окружавшие уже ождали его скорой кончины, услышал он голос Спасителя: "Восстань, будь полуздрав и служи на пользу душевную ближних твоих". С тех пор он начал поправляться и стал, действительно, полуздрав: тощ, хил и слаб, подвержен частым горловым кровотечениям.
14 августа 1864 года отца Иоанникия рукоположили во иеромонаха и назначили духовником богомольцев. Нес он это послушание неленостно и неутомимо, проводя иногда большую часть дня в исповеди богомольцев, которых летнею порою в праздники и посты всегда было очень много в Святогорской пустыни. Господь даровал Своему простодушному и смиренному рабу особенную способность и искусство быть духовником: он внушал любовь и доверие, и благодаря опытности духовной, можно сказать, прозорливо, тотчас узнавал душевный недуг кающегося и находил врачевство с удивительной легкостью. Кроме постоянного духовничества в обители, отец Иоанникий часто был посылаем в окрестные села напутствовать Святыми Тайнами больных и исполнять различные требы церковные.
Чувство сострадания к больным и страждущим было особенно присуще отцу Иоанникию. Души врачевал он словом совета духовного на исповеди, а тела - молитвой и помазанием освященным елеем. Особенно бесноватых отец Иоанникий был истинный благодетель: он врачевал их небоязненно молитвой, прочтением заклинательных молитвословий по Требнику и помазанием елеем от лампады святогорской чудотворной иконы святителя Николая, и Бог его руками нередко совершал чудеса. Иные бесноватые больные жестоко его поносили отвратительными ругательствами, другие богохульствовали, а были и такие, что устремлялись на него с ударами, так что и побои он терпел от них. Однако отец Иоанникий не устрашался, но наступал на духов тьмы оружием поста и молитвы - и победа была на его стороне: страдальцы умолкали, смирялись, начинали молиться Богу и плакать, после чего следовало их полное исцеление.
Однажды приведен был к нему громадного роста мужчина, линейный казак из-за Кубани, со зверски искаженным лицом; его с трудом влекли два дюжих казака, его сродники. Бесноватый ревел нечеловеческим голосом, и рев медведя, и вой волка, и хрюканье свиньи попеременно слышались в звуках его голоса, глаза же сверкали невыразимой злобой. В Святогорской пустыни пред собором, стоящим на возвышении, находится каменная просторная лестница, ведущая на площадку, где стоит собор. Подведя бесноватого к этой лестнице, спутники не могли уже никакими силами вести его далее, о чем один из них и пошел в собор известить отца Иоанникия. Тот вышел сам из собора в епитрахили с требником в руке и, небоязненно подойдя к распростертому на земле больному, готовился начать читать над ним заклинательные молитвы; больной вдруг вскочил, схватил отца Иоанникия в охапку и, перебросив через плечо, побежал с ним по лестнице вокруг собора. Бывшие при этом люди испугались и не знали, что им предпринять: бросились вслед за бесноватым и увидели, что как раз против западных дверей собора опять повалился он на землю, отец же Иоанникий, цел и невредим сидел на нем и держал его за волоса. Сродники бросились, чтобы связать веревкой руки и ноги бесноватому, но отец Иоанникий это им воспретил, говоря: "Не троньте, оставьте его в покое, более он уже не побежит; мы с ним поборолись и вот видите, чей верх", - причем показал на голову бесноватого, держимую им крепко за волосы. Потом встал, прикрыл бесноватого своей епитрахилью и начал читать над ним заклинательные молитвы. Больной лежал тихо, только тяжело дышал, как бы собираясь нечто из себя извергнуть; наконец, с большим усилием, извергнул смрадную кровавую пену, столь смрадную, что окружавшие его, не терпя смрада, от него отшатнулись. После этого больной приподнялся, встал, начал класть поклоны по направлению к собору, вошел в самый собор и там усердно молился, а на другой день, после исповеди у отца Иоанникия, приобщился Святых Тайн, к которым прежде, уже около пяти лет, не мог приступить. На исповеди объяснил он, что беснование постигло его в то время, когда он дерзнул нанести побои своей матери, и с тех пор жестоко его мучило. С полной надеждой на выздоровление отправился он из Святых Гор домой на Кубань, получив наставление от отца Иоанникия, как себя вести, чтобы опять не подвергнуться действиям злого духа.
Впоследствии отец Иоанникий говорил, вспоминая этот случай, что когда бесноватый вскинул его к себе на плечи и понес по лестнице на площадку вокруг собора, почувствовал он в себе какую-то необычайную силу, которой без труда поборол бесноватого, мысленно призывая сладчайшее Имя Господа Иисуса.
Все свободное свое время старец посвящал молитве и чтению. "Трудно подчас бывает, но Бог помогает, что днем не успею, ночью свершу; причем сноровку я взял с народом обращаться так, чтобы послушание проходить и правило вместе творить. Опять же и за службами церковными, не переставая однако следить за ними, удобно Иисусову молитву творить: тут мне помехи нет никакой, смотри - в течение утрени сотенок пять или шесть одолеешь. Лишь бы охота была да усердие, а Бог в помощи не закоснит и сам всему научит желающего неленостно молиться Ему по сему правилу. Вот я, калека, поклонов много творить не могу, сейчас кровь горлом хлынет: чем мне восполнить это мое лишение подвига молитвенного, телесного, как не подвигом душевным? По крайней мере, не даром четки ношу, ответа за них Богу не дам, что для вида лишь их носил, нет, многим я им одолжен". Всегда он советовал как можно чаще готовиться и приступать к причащению Святых Христовых Таин. "Кто часто готовится, - говорил он, - тот невольно делается лучшим по внутреннему человеку".
При конце жизни отца Иоанникия к общей болезненности его присоединились и различные несчастные случаи, пагубно отозвавшиеся на его здоровье. Однажды во время путешествия по железной дороге поспешил он сесть в вагон и, оступившись, упал под колеса, где благодаря только крайней худобе своей избежал смерти, попав в пространство между вагонами и платформой; весь поезд прошел над ним, слегка лишь черкая колесами об его бок. После этого он долгое время себя плохо чувствовал, бок его как бы одеревенел и покрылся синевой.
Перед смертью отец Иоанникий сильно болел воспалением легких. Почил в Бозе 10 февраля 1882 года. Похоронен был у подземной церкви преподобных Антония и Феодосия Печерских.
8 мая 2008 года Священный Синод Украинской Православной Церкви, рассмотрев житие, труды, подвиги, чудеса и народное чествование подвижников благочестия, которые «иже во святых горах на Донце» подвизалися, принял историческое решение (Журнал № 38): «Благословить для местного прославления и чествования с числе прочих в лике преподобного иеромонаха Иоанникия (Аверкиева)». Память Собора Святогорских святых принято отмечать ежегодно 11 (ст.ст.)/24 сентября (н.ст.).
