Отец Исаакий поступил в святую обитель в 1847 году, а в 1865 году был пострижен в монашество. После принятия ангельского образа избрал для себя один из труднейших подвигов христианского благочестия - Христа ради юродство. Начиная свой подвиг, отец Исаакий ограничивал себя в самом необходимом: ел очень мало и даже не пил чай. Проводил все время в молчании, молитве и богомыслии, только кратко отвечая на необходимые вопросы. Одежда его была ветхая, поношенная, чаще всего его можно было видеть одетым в холщовый подрясник (балахон), подпоясанный веревкой - в таком одеянии ходил он и зимой, с кожаными рукавицами на руках.

- Отец Исаакий, вы простудитесь, - скажет кто-либо из братии.
- Ничего, браток, я не простужусь: я - в рукавицах.

А сам ходит по двору, собирает разный хлам и кладет себе за пазуху.
- Батюшка, зачем вы собираете этот хлам? Вас за это поносят и осуждают.
Отец Исаакий только улыбнется и скажет:
- Этого мне и нужно, чтобы меня унижали. Господь сказал: "Горе, егда добре рекут вам вси человецы" (Лк. 6, 26).

Сапоги он всегда носил очень большие с кожаными галошами, которые при ходьбе производили сильный шум. Зимой он одевался в летнюю одежду, а летом - в зимнюю. Спал на полу, хотя в его келии и была койка, на которую горой были наложены дрова. Несмотря на сильные зимние морозы, келью он никогда не отапливал. Вместе с тем, не нуждаясь в топливе для себя, он в свободные от послушаний часы для избежания праздности старательно заготовлял дрова, которые складывал и хранил около своей кельи, пока братия не забирали их для общего употребления. Наиболее духовные иноки чтили его как истинного раба Божия, и сам отец Герман, по ходатайству которого он был рукоположен во иеродиакона, любил его за смирение и усердие к молитве и труду.

В 1890 году отец Исаакий посвящен во иеромонаха и переведен к больничной церкви, где и жил до самой своей кончины. Здесь он уже больше не скрывал в себе духовной мудрости, но с отеческой любовью принимал всех приходивших к нему, так как святая жизнь его и под покровом юродства делала его заметным среди других братий. В награду за подвижническую жизнь и смиренномудрие Господь Бог сподобил отца Исаакия дара прозорливости и благодати исцелений. Сотни богомольцев спешили на больничный хутор повидать батюшку Исаакия, чтобы получить его благословение и насладиться богодухновенной беседой. Многие из них по его молитве получали исцеление, другие - мудрые ответы на предлагаемые вопросы, которые, еще не будучи произнесенными, уже были известны просвещенному от Бога прозорливцу. Блаженный старец, зная по благодати Божией сокровенную жизнь каждого, приводил своих посетителей к раскаянию во грехах, и многие из них каялись и обещали исправить свою жизнь.

Из множества случаев прозорливости отца Исаакия здесь приводим лишь один, исполнение которого произошло уже в наше время.

Однажды, на Пасхальной седмице архимандрит Вассиан вместе со старшей братией монастыря, любуясь Святыми Горами, вел разговор о том, чтобы на противоположной Фавору горе, над дачей господ Потемкиных устроить храм Вознесения, подобный Преображенскому храму. Этим храмом на горе усугубилась бы красота Святых Гор, и исполнилось бы заветное желание отца Арсения, который именовал эту гору Елеоном и еще при жизни намеревался устроить там храм. В это время по двору монастыря проходил блаженный старец отец Исаакий. Монастырское начальство решило испросить у прозорливца благословения на постройку храма. Старец приложил ладонь козырьком к глазам своим, пристально посмотрел на гору и сказал:
- Нет! Там нет места! Там стоит громадный человек!

Сказавши эти слова, отец Исаакий с большой поспешностью удалился из монастыря в свой любимый скит на Святом месте. Непонятными показались старцам слова блаженного отца Исаакия, но храм все-таки не решились строить без благословения.

В 1927 году некоторые участники этого разговора увидели исполнение этого пророчества - на указанной старцем горе был поставлен громадных размеров памятник революционеру Артему (Сергееву), который сохранился до наших дней.

Скончался старец Исаакий в 1903 году, предсказав свою смерть. Служитель больницы, послушник Федор, находившийся при умиравшем старце, просил его:
- Отец Исаакий! Я спать хочу, вы разбудите меня, когда будете умирать?
- Ляг и засни. Я тебя позову, - но лишь только Федор уснул, как старец стал будить его, говоря:
- Брат, вставай! Уже пришли за мной!
- Кто пришел? - спросил Федор, озираясь, - здесь никого нет.
- Пришли и зовут меня, - с особенной радостью говорил умирающий. Это были его последние слова. Праведная душа его отлетела в мир иной к Престолу Всевышнего, оставив на лице усопшего отпечаток неземной радости - свидетельство угодности Богу подвигов его жизни.

8 мая 2008 года Священный Синод Украинской Православной Церкви, рассмотрев житие, труды, подвиги, чудеса и народное чествование подвижников благочестия, которые «иже во святых горах на Донце» подвизалися, принял историческое решение (Журнал № 38): «Благословить для местного прославления и чествования с числе прочих в лике преподобного иеромонаха Исаакия (Головина)». Память Собора Святогорских святых принято отмечать ежегодно 11 (ст.ст.)/24 сентября (н.ст.).